Nguyên nhân của tình trạng ô nhiễm trầm trọng này được xác định chủ yếu do nguồn nước thải sinh hoạt của người dân gây nên. Vì thiếu ý thức, nên toàn bộ lượng thải sinh hoạt hàng ngày đều được dẫn ống đổ thẳng ra các sông hồ. Xung quanh các hồ Thiền Quang, Thành Công, Ngọc Khánh, Nghĩa Tân… hệ thống ống, cống dẫn nước mọc ra tua tủa và các hồ nghiễm nhiên trở thành các hố nước thải trong lòng thành phố. Ngoài ra trên một số hồ vẫn còn tồn tại hình thức nuôi cá thâm canh. Điều này đã làm cho mức độ ô nhiễm của các hồ gia tăng nhanh chóng.

Điển hình là tình trạng cá chết nổi hàng loạt trên hồ Trúc Bạch thời gian gần đây, ảnh hưởng nghiêm trọng đến mỹ quan và môi trường quanh khu vực. Tuy nhiên các nhà khoa học cho biết không chỉ hồ Trúc bạch mà hầu hết các hồ khác ở Hà Nội cũng đang trong tình trạng ô nhiễm nặng.

Vì việc lựa chọn công nghệ và có quy hoạch đúng đắn cho các hồ trên địa bàn thành phố đang trở thành một bài toán nan giải hơn bao giờ hết. Các chuyên gia cảnh báo, nếu không tiến hành ngay các biện pháp xử lý, rất có thể trong 1- 2 năm tới, một số Hồ tại Hà Nội sẽ bị “bức tử”, chỉ còn trơ lớp bùn đen ngòm, bốc mùi nồng nặc.

Để giải quyết bài toán trước mắt, GS Trần Hiếu Nhuệ, Viện Nước và Công nghệ môi trường cho rằng cần phải đẩy mạnh công tác xử lý ô nhiễm nước tại các hồ bằng công nghệ xử lý nước mặt bằng công nghệ quản lý tổng hợp. Còn phương án về lâu dài thì cần phải có biện pháp xử lý nước thải tại nguồn trước khi xả xuống hồ, đặc biệt cần tuyên truyền nâng cao ý thức người dân trong việc bảo vệ môi trường các hồ, đi đôi với việc xử lý nghiêm những cá nhân, tổ chức xả rác thải, chất thải xuống hồ.

Bên cạnh đó, vấn đề sau khi “cứu hồ” cũng đang là một bài toán khó đặt ra cho chính quyền thành phố. Khi hồ đã được cải tạo, làm sạch nhưng làm thế nào để quản lý, giữ gìn, duy trì vệ sinh thường xuyên cũng lại là một vấn đề không đơn giản.

Theo VietNamNet